Gentiana pneumonanthe è considerata una specie a rischio di estinzione in Italia (VU: specie vulnerabile; Scoppola & Spampinato, 2005. Atlante delle specie a rischio di estinzione, SBI).
Di recente è iniziato un progetto per la sua salvaguardia a livello di Lombardia, con il progetto FraGenziane. Numerose popolazioni sono state censite e tra queste anche quella del Lago di Ganna (8.49-45.54) in provincia di Varese (Andreis & Zavagno, 1996. Il Naturalista Valtellinese, 7: 33-56).
Presso il Lago di Ganna è infatti presente una florida popolazione di G. pneumonanthe, come testimoniato dalla presenza di numerose giovani piante. G. pneumonanthe vegeta all’interno del molinieto a Molinia caerulea (habitat di interesse comunitario: cod. 6410), soprattutto nella zona dove si rinvengono le depressioni con torba denudata a Rhynchospora alba (cod. 7150) e i cumuli di Sphagnum papillosum (cod. 7110).Questi due habitat, in particolare le depressioni, sembrano favorire la riproduzione da seme di G. pneumonanthe.
Non è invece stata osservata la presenza della rara farfalla Maculinea alcon che per il suo ciclo vitale dipende da G. pneumonanthe.
Esemplari in fioritura di G. pneumonanthe presso il Lago di Ganna (agosto 2015).
A sinistra: particolare dell’infiorescenza di G. pneumonanthe (agosto 2015); a destra: giovani piante su un cumulo di Sphagnum papillosum (settembre 2015).