Gentiana pneumonanthe è considerata una specie a rischio di estinzione in Italia (VU: specie vulnerabile; Scoppola & Spampinato, 2005. Atlante delle specie a rischio di estinzione, SBI).
Di recente è iniziato un progetto per la sua salvaguardia a livello di Lombardia, con il progetto FraGenziane. Numerose popolazioni sono state censite e tra queste anche quella del Lago di Ganna (8.49-45.54) in provincia di Varese (Andreis & Zavagno, 1996. Il Naturalista Valtellinese, 7: 33-56).
Presso il Lago di Ganna è infatti presente una florida popolazione di G. pneumonanthe, come testimoniato dalla presenza di numerose giovani piante. G. pneumonanthe vegeta all’interno del molinieto a Molinia caerulea (habitat di interesse comunitario: cod. 6410), soprattutto nella zona dove si rinvengono le depressioni con torba denudata a Rhynchospora alba (cod. 7150) e i cumuli di Sphagnum papillosum (cod. 7110).Questi due habitat, in particolare le depressioni, sembrano favorire la riproduzione da seme di G. pneumonanthe.
Non è invece stata osservata la presenza della rara farfalla Maculinea alcon che per il suo ciclo vitale dipende da G. pneumonanthe.
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Esemplari in fioritura di G. pneumonanthe presso il Lago di Ganna (agosto 2015).
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A sinistra: particolare dell’infiorescenza di G. pneumonanthe (agosto 2015); a destra: giovani piante su un cumulo di Sphagnum papillosum (settembre 2015).